Nació el 14 de julio de 1953 en Concepción del Uruguay, Entre Ríos, Argentina. Era hijo de Juan Ramón "Tito" Zaragoza y Luisa Cecchini. Realizó sus estudios primarios en la Escuela Justo José de Urquiza. Siendo alumno de 4º grado obtuvo el 1º Premio en los Juegos Florales por su cuento "En el bosque", habiendo participado de los mismos alumnos de todas las escuelas de Entre Ríos.
En 1966 inició sus estudios secundarios en la Escuela Normal Mariano Moreno, en la que aprobó el ciclo básico. Luego pasó al Colegio Nacional Justo José de Urquiza, donde obtuvo el título de bachiller, figurando en el Cuadro de Honor de su promoción. Simultáneamente se recibió de profesor superior de guitarra.
En 1971 se trasladó a La Plata e ingresó a la Facultad de Ciencias Exactas de la Universidad Nacional de La Plata (UNLP), como alumno de la Carrera de Bioquímica. Durante los años de su vida universitaria se destacó como uno de los mejores alumnos de su promoción. En 1975 era alumno regular de 5º año de la Carrera de Bioquímica. Era además delegado de curso del Centro de Estudiantes y militante de la Federación Juvenil Comunista.
La noche del 9 de junio de 1975 un grupo armado perteneciente a la Alianza Anticomunista Argentina (la Triple A), la banda de asesinos fundada y prohijada por José López Rega, el ministro de Bienestar Social del gobierno peronista, lo fue a buscar a su departamento y se lo llevaron. Desde la Policía se comunicaron para avisar a los familiares que lo tenían detenido. Pero cuando los familiares viajaron a La Plata, Chilo había sido encontrado muerto y con varios escopetazos, en Berisso. Su hermano Néstor Omar (Neco) fue quien lo identificó.
Su asesinato puede haber estado ligado a su labor dentro del Centro de Estudiantes. A fines de 1974, mediante la sanción de la Ley 8.271, la provincia de Buenos Aires aprobó la creación del Colegio de Bioquímicos, quien a partir de ese momento fiscalizó el ejercicio profesional. En mayo de 1975, el rector interventor de la UNLP, a propuesta del Delegado Interventor de la Facultad de Ciencias Exactas, resolvió la eliminación de la Carrera de Bioquímica, reemplazándola por orientaciones de la Licenciatura en Química. Los alumnos de 5º y 6º año de la Carrera de Bioquímica, con el apoyo del Centro de Estudiantes de la Facultad y bajo el liderazgo de Chilo, se opusieron tenazmente a la desaparición de la carrera. Consiguieron entrevistas con legisladores provinciales y nacionales y lograron que la situación tome estado público. Exactamente dos años después del secuestro de Chilo, su hermano Neco, estudiante de Medicina, fue detenido-desaparecido.
Pero la lucha no fue en vano: A fines de 1975, el nuevo Rector Normalizador sanciona la Resolución 619, que deroga las nuevas orientaciones de la Licenciatura en Química, reimplantando la Carrera de Bioquímica en la Facultad de Ciencias Exactas de la UNLP, que cobra así su primer mártir: Juan Ramón "Chilo" Zaragoza.
El Departamento de Ciencias Biológicas de la Facultad de Ciencias Exactas, en 1991 ha nombrado un aula en la planta baja del edificio 3 de Química honrando a Chilo Zaragoza. Además, lo continúan honrando al denominar así distintas actividades, incluyendo torneos de fútbol. Una agrupación estudiantil de la facultad lleva por nombre "Chilo Zaragoza" en homenaje a él.
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